En las áreas Administrativas, se ha implementado el uso de la Norma ISO 9001:2008 referente a “Requisitos de Sistemas de Gestión de la Calidad” y como resultado, la Secretaría General de la UTP se sometió en el año 2011 al proceso de certificación bajo requisitos de la norma ISO 9001:2008 y logró su primera certificación del “Sistema de Gestión de la Calidad”, por parte de la Empresa Applus Panamá, el 18 de noviembre de 2011 y su recertificación, en el año 2015. Con la nueva versión de la norma ISO 9001:2015 esta unidad logró certificarse con la empresa Applus de México S.A. cumpliendo con los requisitos de la norma NMX-CC-9001-IMNC-2015/ ISO 9001:2015 bajo el alcance de prestación de servicios vinculados con los procesos de tramitaciones, archivo académico y registro e historial académico dirigido a estudiantes, docentes, administrativos, investigadores y público en general, en el año 2019. En el año 2023 logró la recertificación (2023-2026) en cumplimiento de los requisitos de la Norma ISO 9001:2015 con la empresa Bureau Veritas Certification Holding SAS-UK Branch.

Anualmente se realizan auditorias internas y auditorias externas de seguimiento para garantizar el mantenimiento y mejoramiento del Sistema de Gestión de la Calidad.